Важнейшим моментом применения ЦКП является управление реализацией программы. Применительно к целевой комплексной программе организационного развития оно будет выражено в следующих четырех функциях:
1) разработка (формирование) программы;
2) распределение функций по ее реализации, назначение ответственных и обеспечение выполнения отдельных частей программы (мероприятий);
3) контроль за ходом обеспечения и выполнения участниками программы своих функций (в рамках программы), а также за ходом и результатами реализации программы в целом;
4) регулирование отдельных связей программы, принятие дополнительных решений (уточнение сроков, объемов, исполнителей, планирование дополнительных мероприятий), корректировка программы.